El germen de la hermandad que conocemos hoy día surge de la devoción universal castellana al Santo Cristo de Burgos o de San Agustín, de la capital castellana, imagen que residió en un primer momento en el Convento de San Agustín y, posteriormente, en la Catedral de Burgos.
Como consecuencia de esta insigne devoción, surgieron en Sevilla, en el siglo XVI, la Hermandad de «Los Burgaleses», establecida en el Convento de San Francisco, y, en el siglo XVII, la Hermandad del Cristo de Burgos, con sede en la iglesia de San Ildefonso.
En el siglo XVI, una de las mayores devociones de la ciudad era el Cristo de San Agustín, considerada la primera gran devoción cristífera de Sevilla. La imagen residió inicialmente en el Convento de San Agustín y, posteriormente, fue trasladada a la parroquia de San Roque. Esta imagen fue tomada como modelo por Juan Bautista Vázquez «el Viejo» para tallar, en 1573, la imagen titular de nuestra hermandad, según se recoge en el encargo realizado por el licenciado Juan de Castañeda para su Capilla de San Pedro.
La actual Hermandad del Santísimo Cristo de Burgos, Negaciones y Lágrimas de San Pedro y Madre de Dios de la Palma se fundó en el Convento de San Antonio en 1883, con imágenes distintas de las que conocemos en la actualidad. Realizó su primera Estación de Penitencia a la Catedral desde el mismo convento en 1884.
Cinco años después, en 1889, se trasladó a la iglesia de San Pedro, adoptando como titulares la imagen del Santísimo Cristo de Burgos, obra de Juan Bautista Vázquez «el Viejo», y la de Madre de Dios de la Palma, realizada por Manuel Gutiérrez Reyes Cano en 1889. Desde entonces, la hermandad ha tenido su sede en la parroquia de San Pedro, exceptuando el periodo comprendido entre 1918 y 1923, cuando se trasladó al Convento de Santa Inés con motivo de las obras realizadas en su sede.
En 1943, la autoridad eclesiástica refunda en esta hermandad la primitiva Hermandad de las Negaciones y Lágrimas de San Pedro, del siglo XVI, origen del titular de nuestra corporación.